Giovanni Bottiroli è nato a Novi Ligure (AL) il 24 giugno 1951.
È stato per molti anni professore ordinario di Teoria della letteratura e Retorica e narrazione all’Università di Bergamo. Nella stessa univeristà ha insegnato Estetica e Teoria dell'interpretazione.
Ha collaborato con l’Enciclopedia Einaudi, per cui ha scritto le voci “Eros”, “Piacere”, “Pulsione”, “Soma/psiche” (quest’ultima insieme a Guido Ferraro) e con l’Enciclopedia Treccani, per cui ha redatto la voce “Letteratura e psicoanalisi”. 
Fa parte della Direzione di "L'immagine riflessa" e del Comitato Scientifico di "Symbolon", nuova serie, e di "Enthymema".

Attualmente fa parte dei docenti "IRPA - Istituto di Ricerca di Psicoanalisi Applicata".

È stato Presidente della Consulta di "Critica letteraria e letterature comparate" dal 2015 al 2021 e, nello stesso periodo, Direttore della rivista "Comparatismi".

Nel 2022 ha promosso la nascita del FLECIR - Centro interuniversitario di Letteratura e Filosofia.